Das Fest der Gemeindemitarbeitenden am Karfreitag endete in einem Eklat, was Veränderungen im engeren Kreis von Johannes’ (Lars Mikkelsen) Team mit sich bringt. Währenddessen bekommt August (Morten Hee Andersen) von der Bischöfin eine Verwarnung wegen seines Aussetzers während der Osterpredigt. Kurz darauf wird er erneut vor sie zitiert, als er einer Konfirmandin aus einer misslichen Situation hilft, was deren Mutter gar nicht goutiert.
August stellt sich daraufhin die Frage, ob er überhaupt in die dänische Volkskirche passt. Als er sich Christian (Simon Sears) anvertraut, bringt ihn sein Bruder auf eine Idee. Dieser versucht derweil, sich wieder mit Mark (Joachim Fjelstrup) zu versöhnen, doch Mark bleibt unerbittlich und kann die Entschuldigung seines ehemals besten Freundes nicht annehmen. Das hält Christian aber nicht davon ab, weiterhin mit Amira (Camilla Lau) zusammenzuarbeiten. Ihr gemeinsames Buchprojekt nimmt langsam Gestalt an.
Als Elisabeth (Ann Eleonora Jørgensen) und Liv (Yngvild Støen Grotmol) für ein paar Tage zelten gehen, sieht Johannes rot. Er sucht Hilfe bei Svend (Joen Højerslev), dem Küster, denn er hat Angst vor dem Absturz. Als die beiden Frauen ins Pfarrhaus zurückkehren, ist Johannes so wütend, dass er Elisabeth zwingt, sich zwischen ihm und Liv zu entscheiden. Leider trifft Elisabeth eine Wahl, die nicht seinen Erwartungen entspricht. Er betrinkt sich daraufhin sinnlos und fällt so tief, dass er ins Krankenhaus eingeliefert werden muss und dem Tod nahekommt. Zum ersten Mal seit langer Zeit findet die Familie an Johannes' Krankenbett wieder zusammen.
Die Wege des Herrn wurde auf SRF ausgestrahlt am Donnerstag 1 April 2021, 00:05 Uhr.